単式ホーム1面1線と
島式ホーム1面2線からなる2面3線で、
3番線は下り列車1本と臨時列車のみ使用される。

各ホームは名寄側端にある跨線橋で連絡している。

特急「スーパー宗谷」「サロベツ」など
全列車が停車する。

駅舎は名寄側に寄った位置にあり、
駅舎は雪国の駅舎らしく、
コンクリートの平屋建ての建物となっている。

社員配置駅で、みどりの窓口が設置されている。

貨物および荷物取り扱い廃止までは、
長い貨物ホームと、多数の副本線と
広い貨物ストックヤードがございました。

また、日本甜菜製糖士別製糖所まで、
専用線が引かれていた。

最近は近くを通る
国道４０号線の賑わいに対して、
駅前は少しさびれている。

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