1面1線の単式ホームの無人駅。
かつて国鉄規格の木造駅舎と
相対式のホームであったが、
1線が撤去された。

分割民営化後当初は車掌車を
駅舎として使用していたが、
現在はモダンな簡易駅舎に建て替わった。

かつては隣の紋穂内駅と
良く似た構造の一般駅であった。

アイヌ語の「オンネ・ナイ（親である川）」に由来する。

国道はかつて恩根内市街を通っていたが、
現在では駅裏をバイパスで通過している。

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