相対式ホーム2面2線を有し、
2番乗場との間は止別方向にある構内踏切で連絡する。
2番乗場は3両程度分の長さを持つが、
機関車を含めて6両となる「流氷ノロッコ号」の運行期間は、
全客車がホームにかかるよう仮設で延伸される。

小清水町の市街から8kmほど北に位置し、
輸送の拠点として発達した市街である。

「汽車ポッポ」で親しまれてきた旧駅舎は取り壊され、
2000年11月に「道の駅はなやか（葉菜野花）小清水」として、
鉄道の駅と道路の駅を兼ねる立派な建物に生まれ変わった。

砂丘に阻まれて海は見えないが、
一部砂丘が途切れていてそこから海に出ることができる。

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