単式ホーム1面1線を持ち、
かつては相対式ホーム2面2線、
副本線および貨物ホームを有していた。

釧網本線には旧駅務室を
喫茶店などに改造している駅が多いが、
藻琴はその第1弾で「軽食&喫茶トロッコ」が営業している。

駅舎は大正13年開業当時の建物で、道内屈指の古さである。

駅の山側に小市街があり、周辺は牧場になっている。

かつて、ここから東藻琴村営軌道が
営業していたが、昭和40年に廃止された。